DETECTION OF PHYTOPLASMAS ASSOCIATED WITH KALIMANTAN WILT DISEASE OF COCONUT BY THE POLYMERASE CHAIN REACTION

J.S. WAROKKA J.S. WAROKKA, P. JONES P. JONES, M.J. DICKINSON M.J. DICKINSON

Abstract


ABSTRACT
Coconut is the second Indonesia’s most important social commodity
after rice. There are more than 3.6 million hectares of coconut plantations
in Indonesia equivalent to one third of the total world coconut area.
However, the production and productivity of the coconut are very low and
unstable for various reasons, including pests and diseases. Kalimantan wilt
(KW) disease causes extensive damage to coconut plantation. In previous
investigations, bacteria, fungi, viruses, viroids and soil-borne pathogens
such as nematodes were tested, but none of them were consistently
associated with the disease. The objective of this research was to detect
and diagnose the phytoplasma associating with KW. Two DNA extraction
methods, namely a modification of CTAB method involving grinding
coconut trunk tissue in pre-warmed CTAB instead of liquid nitrogen, and a
small scale DNA extraction method, were used to prepare DNA from
coconut trunk tissues. Research results showed that both methods were
found equally suitable for preparing DNA from coconut trunk tissues for
PCR analysis. The phytoplasmas aetiology of KW has been proved by the
nested PCR approach using P1/P7 and R16F2n/R16R2 primer
combinations. The study has further demonstrated that the nested PCR
approach can be employed to effectively detect the presence of
phytoplasma both in infected and in symptomless coconut trunk tissues.
Phytoplasma DNA was amplified from 95 out of 116 samples (81.9%).
Based on source of samples, phytoplasma DNA was amplified from KW
infected and symptomless samples, 95.1% and 67.3% respectively. This
study confirmed that KW is caused by phytoplasma.
Key words : Coconut, Cocos nucifera L., plant disease, Kalimantan wilt
disease, phytoplasma, polymerase chain reaction, Central
Kalimantan
ABSTRAK
Deteksi phytoplasma yang berasosiasi dengan penyakit
layu Kalimantan pada kelapa dengan reaksi rantai
polymerase
Kelapa merupakan komoditi sosial kedua setelah padi di Indonesia
dengan luasan areal lebih dari 3.6 juta ha pertanaman, ekuivalen dengan
sepertiga luas kelapa dunia, hal ini menjadikan Indonesia sebagai negara
produsen kelapa terluas di dunia. Sekarang ini produksi dan produktivitas
kelapa sangat rendah dan tidak stabil yang disebabkan oleh berbagai alasan
termasuk serangan hama dan penyakit. Penyakit layu Kalimantan telah
mengakibatkan kerugian yang besar pada pertanaman kelapa. Penelitian
sebelumnya untuk mengetahui penyebab penyakit dilakukan dengan
menguji bakteri, cendawan, virus, viroid dan patogen tanah seperti
nematoda tetapi tidak ada yang secara konsisten berasosiasi dengan
penyakit layu Kalimantan. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan
mendiagnosa phytoplasma sebagai penyebab penyakit yang berasosiasi
dengan layu Kalimantan. Penelitian ini menggunakan dua metode untuk
mengekstraksi DNA yaitu metode CTAB yang biasanya menggunakan
nitrogen cair dimodifikasi dengan menghancurkan sampel tanaman pada
CTAB yang dipanaskan, dan metode skala kecil. Hasil penelitian
menunjukkan bahwa kedua metode yang digunakan menghasilkan DNA
yang sama baiknya untuk analisis PCR. Teknik nested PCR menggunakan
kombinasi primer P1/P7 dan R16F2n/R16R2 dapat membuktikan bahwa
penyebab penyakit layu Kalimantan adalah phytoplasma. Teknik ini juga
secara efektif dapat mendeteksi phytoplasma dalam jaringan tanaman
kelapa yang sudah terinfeksi maupun yang belum menunjukkan gejala
penyakit. DNA phytoplasma dapat dideteksi pada 95 sampel dari 116
sampel (81.9%) yang dianalisis. Berdasarkan jenis sample yang diperiksa
ternyata phytoplasma dapat dideteksi pada sample yang terinfeksi maupun
yang belum menunjukkan gejala penyakit masing-masing 95.1% dan
67.3%. Hasil penelitian ini mengkonfirmasi bahwa penyakit layu
Kalimantan disebabkan oleh phytoplasma.
Kata kunci: Kelapa, Cocos nucifera L., penyakit tanaman, penyakit layu
Kalimantan,  phytoplasma,  reaksi  rantai  polymerase,
Kalimantan Tengah

Full Text:

PDF


DOI: http://dx.doi.org/10.21082/jlittri.v12n4.2006.154-160

Refbacks

  • There are currently no refbacks.




Copyright (c) 2015 Jurnal Penelitian Tanaman Industri


Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.




P-ISSN: 0853-8212
E-ISSN: 2528-6870

Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan

(Indonesian Center for Estate Crops Research and Development)

Jln. Tentara Pelajar No 1, Kampus Penelitian Cimanggu

Bogor 16111 Indonesia

Phone: +62251-8313083

Fax: +62251-8336194

Email: littri_puslitbangbun@yahoo.co.id



View My Stats