PEMANFAATAN TEKNOLOGI SEKUENSING GENOM UNTUK MEMPERCEPAT PROGRAM PEMULIAAN TANAMAN

I Made Tasma

Abstract


Sumber daya genetik (SDG) tanaman menyediakan materi dasar untuk program pemuliaan tanaman. Namun, baru sebagian kecil (<1%) koleksi SDG yang dimanfaatkan untuk pemuliaan tanaman. Karakterisasi SDG sudah banyak dilakukan dengan menggunakan karakter morfologi, namun metode ini lambat, menyita waktu, dan memerlukan banyak tenaga. Teknologi sekuensing modern menghasilkan peta genom rujukan suatu spesies tanaman yang   dapat mempercepat karakterisasi SDG menggunakan teknik next generation sequencing (NGS). Tulisan ini mengulas pemanfaatan teknologi sekuensing genom untuk karakterisasi, proteksi, dan pemanfaatan SDG untuk mempercepat program pemuliaan tanaman. Di Indonesia, teknologi NGS telah dimanfaatkan sejak 2010 untuk resekuensing genom komoditas unggulan nasional seperti kedelai, kakao, jagung, dan cabai merah. Jutaan SNP dan Indel telah diidentifikasi pada setiap komoditas sebagai sumber daya pemuliaan yang bernilai tinggi. Sebagian kecil SNP/Indel tersebut berada pada protein coding region yang potensial untuk penemuan gen-gen unggul. Selain SNP yang diidentifikasi pada semua genotipe, ditemukan SNP pada genotipe tertentu (SNP unik). Koleksi SNP dalam jumlah besar ini digunakan untuk mensintesis SNP chip untuk genotyping SDG secara cepat dan komprehensif. Didukung data fenotipe, SNP chip bermanfaat untuk melabel gen-gen unggul. Marka SNP yang berpautan dengan karakter unggul digunakan untuk menyeleksi individu pembawa karakter unggul tersebut. Dengan teknologi NGS, perakitan VUB tanaman dapat dilakukan lebih cepat, akurat, dan efisien. Dengan demikian, teknologi NGS dapat memfasilitasi karakterisasi dan pemanfaatan SDG untuk mem-percepat program pemuliaan tanaman.

Keywords


Sumber daya genetik tanaman; sekuensing genom; keragaman genetik; pemuliaan tanaman

Full Text:

PDF


DOI: http://dx.doi.org/10.21082/jp3.v34n4.2015.p159-168

Refbacks

  • There are currently no refbacks.




Copyright (c) 2016 Jurnal Penelitian dan Pengembangan Pertanian

 

Balai Pengelola Alih Teknologi Pertanian
Jalan Salak No.22, Bogor 16151
Telp. : (0251) 8382563
Faks. : (0251) 8382567
E-mail : jurnallitbang@gmail.com
Website : http://bpatp.litbang.pertanian.go.id

          


Creative Commons License
JP3 is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License

View My Stats