Deteksi Virus-Virus pada Kentang di Jawa Barat dengan Menggunakan Teknik Molekuler

Tri Asmira Damayanti, R Kartika

Abstract


ABSTRAK. Gejala infeksi virus ditemukan bervariasi di sentra pertanaman kentang di Jawa Barat (Rancabali, Pangalengan, dan Bayongbong). Diagnosis virus berdasarkan gejala sulit untuk menentukan identitas suatu virus. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan mendeteksi virus-virus pada tanaman kentang dengan teknik molekuler. Sebanyak 50 sampel daun dikoleksi secara acak dari tanaman kentang yang bergejala di setiap lokasi. Parameter yang diamati adalah gejala, kejadian penyakit, dan runutan DNA virus yang dominan ditemukan. Kejadian penyakit ditentukan dengan uji serologi menggunakan antiserum PVY, PVX, PVS, dan CMV, sedangkan deteksi asam nukleat dilakukan dengan RT-PCR dan perunutan DNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gejala yang ditemukan bervariasi pada daun kentang, seperti vein clearing, vein banding, rugose, dan malformasi daun. Kejadian penyakit oleh PVY, PVX, PVS, dan CMV di Rancabali berturut-turut adalah 28%, 0%, 0%, dan 28%, di Pangalengan adalah 80%, 24%, 2%, dan 82%, serta di Bayongbong adalah 82%, 0%, 6%, dan 74%. RT-PCR menggunakan primer spesifik PVY dan CMV berhasil mengamplifikasi gen coat protein PVY dan CMV asal Bayongbong masing-masing  berukuran ~800 pb dan ~650 pb. Homologi nukleotida dan asam amino PVY asal Bayongbong terhadap PVY dari negara lain berkisar 89,5–99,7% dan 92,0–100%. Homologi tertingginya yaitu dengan PVY-NTN asal Cina dan Jepang, sedangkan homologi nukleotida dan asam amino CMV asal Bayongbong terhadap CMV asal negara lain berkisar 87,6–96,9% dan 86,9–93,7%. Homologi tertingginya yaitu dengan CMV strain soybean stunt (S) asal Bogor (Indonesia). Kedua strain virus (PVY-NTN dan CMV-S) pertama kali terdeteksi pada kentang di Jawa Barat. Hasil penelitian menunjukkan bahwa teridentifikasinya kedua strain virus baru harus dipertimbangkan sebagai pembatas penting produksi kentang di Jawa Barat

Keywords


Solanum tuberosum; CMV-S; PVY-NTN; Deteksi molekuler

Full Text:

PDF


DOI: http://dx.doi.org/10.21082/jhort.v25n2.2015.p171-179

Refbacks

  • There are currently no refbacks.
';



Copyright (c) 2016 Indonesian Center for Horticulture Research and Development

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.

 


Jurnal Hortikultura (J.Hort) has been indexed :

         

===================================================================================================================

 Creative Commons License
Junal Hortikultura is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
Based on a work at http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/jhort
Permissions beyond the scope of this license may be available at www.litbang.pertanian.go.id.

Indonesian Center for Horticulture Research and Development

Jl. Tentara Pelajar No. 3C Kampus Penelitian Pertanian Cimanggu Bogor 16124, Indonesia
Telp.  +62 251-8372096, 7565366, (Ext. 324) (Hunting System)
Faks.  +62 251-8387651, 8575664, 8372096
E-mail: redaksi.jhorti@gmail.com

ISSN: 0853-7097
E-ISSN: 2502-5120

 

free web stats

View My Stats