Kekerabatan Beberapa Aksesi Padi Lokal Tahan Hama Penyakit Berdasarkan Analisis Polimorfisme Marka SSR

Wage R. Rohaeni, Untung Susanto, Nani Yunani, N. Usyati

Abstract


Kegiatan karakterisasi secara genotipik merupakan salah satu sub kegiatan penting dalam pengelolaan plasma nutfah. Filogeni atau pohon kekerabatan berdasarkan data genotipik lebih mampu memperlihatkan berapa jarak genetik antar plasma nutfah. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui Filogeni dan jarak genetik antar plasma nutfah padi lokal unggul koleksi Balai Besar Penelitian Tanaman Padi.  Penelitian dilakukan pada bulan April – Desember 2015 di Laboratorium DNA Balai Besar Penelitian Tanaman Padi. Materi genetik yang digunakan adalah 15 padi lokal unggul dan varietas Ciherang yang merupakan varietas popular dilibatkan dalam penelitian sebagai kontrol. Analisa molekuler yang digunakan adalah analisa mikrosatelit SSR (simple sequence repeat) dengan jumlah marka SSR sebanyak 18. Hasil penelitian menunjukkan terbentuk 3 kelompok/cluster besar pada pylogeni yang terbentuk. Cluster 1 terdiri dari genotype: Gadis Langsat, Kebo, Bandang sigadis, Ciherang, Jawa sleman, Marahmay, Takong, Ampek panjang, Benoraja, dan Siawak. Cluster 2 terdiri dari: Ase balucung, Ase bukne, Jadul, Pare lotong, dan Pare pulu. Cluster 3 terdiri dari varietas lokal Kapas. Jarak genetik paling jauh dimiliki antara Pare pulu dan Ampek panjang dengan koefisien jarak genetik 2.054. kekerabatan paling dekat dimiliki antara Siawak dan Padi kuning dengan jarak genetik 0.089.


Keywords


padi lokal; pylogeni; jarak genetik.

Full Text:

PDF

References


Anderson, J.A., G.A. Churcil, J.E. Autricue, S.D. Tnaskley, and M.E. Sorles. 1993. Optimizing parental selection for genetic lingkage map. Genome 36:181-186.

Botstein, D., R.L. White, M. Skolnick, and R. David. 1980. Construction of genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphism. Am. J. Human Gene. 32:314-331.

Buang, A. et al. 2004. Wild species of rice (oryza spp.) a source of biotic resistance genes: Benefits for rice breeding program in Indonesia. Prosiding Simposium PERIPI. Bogor, 5-7 Agustus 2004. PERIPI. Fakultas Peternakan, IPB, Darmaga, Bogor.

Daradjat, A.A., Silitonga, S., dan Nafisah. 2009. Ketersediaan plasma nutfah untuk perbaikan varietas padi. Inovasi Teknologi Padi Mengantisipasi Perubahan Iklim Global Mendukung Ketahanan Pangan, Buku 1 : Prosiding Seminar Nasional Padi 2008.

http://www.litbang..go.id/special/padi/bbpadi_2009_itp_01.pdf.

Hairmansis, A., Supartopo, Yullianida, Sunaryo, Warsono, Sukirman, dan Suwarno. 2015. Pemanfaatan plasma nutfah padi (Oryza sativa) untuk perbaikan sifat padi gogo. Pros Sem Nas Masy Biodiv Indon. Depok. Universitas Indonesia. Volume 1, Nomor 1, Maret 2015: : 14-18.

Herawati, R., B.S. Purwoko, dan I.S. Dewi. 2009. Keragaman genetik dan karakter agronomi galur haploid ganda padi gogo dengan sifat-sifat tipe baru hasil kultur antera. J. Agron. Indonesia 37 (2): 87 – 94.

Mulsanti, I.W., M. Surahman, S. Wahyuni, dan D.W. Utami. 2013. Identifikasi galur tetua padi hibrida dengan marka ssr spesifik dan pemanfaatannya dalam uji kemurnian benih. J. Penelitian Tanaman Pangan Vol. 32 No. 1: 1-8.

Irwanto. 2007. Analisis Vegetasi untuk Pengelolaan Kawasan Hutan Lindung Pulau Marsegu, Kabupaten Seram Bagian Barat, Provinsi Maluku. Tesis. 60 Program Studi Ilmu Kehutanan. Jurusan Ilmu – ilmu . Sekolah Pasca Sarjana. UGM. Yogyakarta.

Jamil, A. 2014. Pengelolaan Plasma Nutfah Padi Mendukung Kemandirian dan Ketahanan Pangan Nasional. Disampaikan sebagai Keynote speech dari Balai Besar Penelitian Tanaman Padi pada Seminar Nasional Biodiversitas, Kampus Universitas Indonesia 20 Desember 2014.

Karuniawan, A., Sahala, B., dan Ismail, A. 2008. Keanekaragaman genetik mucuna berdasarkan karakter morfologi dan komponen hasil. Jurnal Zuriat 19 (1) : 41 – 59.

Kristamtini, Taryono, P. Basunanda, dan R.H. Murti. 2014. Keragaman genetik kultivar padi beras hitam lokal berdasarkan penanda mikrosatelit. Jurnal AgroBiogen 10(2):69-76

Liu, K. and S.V. Muse 2005. PowerMarker: An integrated analysis environment for genetic marker analysis. Bioinformatics 21(9):2128-2129.

Melchinger, A.E. and R.K. Gumber. 1998. Overview of heterosis and heterotic groups in agronomic crops. Concepts and breeding on heterosis in crop plants. CSSA Special Publication 25: 29-44.

Nafisah, A.A. Daradjat, dan H. Sembiring. 2006. Keragaman genetik padi dan upaya pemanfaatannya dalam mendukung ketahanan pangan nasional. Prosiding Lokakarya Nasional Pengelolaan dan Perlindungan di Indonesia: Manfaat Ekonomi untuk Mewujudkan Ketahanan Nasional Bogor, 20 Desember 2006.http://pangan.litbang..go.id/files/01-pp012013.pdf

Nasution, A. dan N. Usyati. 2015. Observasi ketahanan varietas padi lokal terhadap penyakit blas (Pyricularia grisea) di rumah kaca. Pros Sem Nas Masy Biodiv Indon. Depok. Universitas Indonesia. Volume 1, Nomor 1, Maret 2015: : 14-18.

Pertiwi, W, N. Carsono, dan S. Amien. 2014. Seleksi berbasis marka ssr untuk karakter ketahanan terhadap wereng coklat dan pengamatan fenotipik untuk daya hasil tinggi pada padi F2. Agric. Sci. J. – Vol. I (4) : 275-285.

Santoso, T.J., D.W. Utami, dan E.M. Septiningsih. 2006. Analisis sidik jari DNA plasma nutfah kedelai menggunakan markah SSR. Jurnal Agrobiogen 2(1):1-7.

Silitonga, T.S. 2004. Pengelolaan dan pemanfaatan plasma nutfah padi di Indonesia. Buletin Plasma Nutfah, 10(2): 26-34.

Suhartini dan T.S. Silintonga. 2005. Variasi ketahanan plasma nutfah padi terhadap cekaman abiotik dan biotic. Prosiding Kongres V dan Simposium Nasional PERIPI. Purwokerto, 25-26 Agustus 2005. PERIPI Komda Banyumas dan Fakultas Universitas Jendral Soedirman, Purwokerto.

Weir, B.S. 1996. Genetic Data Analysis II. University of Washington. 376p.

Wicaksana, N. 2001. Penampilan fenotipik dan beberapa parameter genetik 16 genotip kentang pada lahan sawah. Zuriat 12(1):15-20.

Yunani, N., R.H. Wening, E. Pramudika, E. Maryati. 2014. Katalog Plasma Nutfah Padi. Balai Besar Penelitian Tanaman Padi.[Tidak Dipublikasikan].

Zen, S., H. Bahar. 2001. Variabilitas genetik, karakter tanaman, dan hasil padi sawah dataran tinggi. Stigma 9(1):25-28.




DOI: http://dx.doi.org/10.21082/jbio.v12n2.2016.p81-90

Refbacks

  • There are currently no refbacks.




Copyright (c) 2018 Jurnal AgroBiogen

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.

 Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.


            


P-ISSN : 1907-1094
E-ISSN : 2549-1547


Jurnal AgroBiogen

Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Jl. Tentara Pelajar 3A, Bogor 16111
Jawa Barat, Indonesia
Telp.: (0251) 8339793, 8337975
Faks.: (0251) 8338820
E-mail: jurnal.agrobiogen@gmail.com
Situs: http://biogen.litbang.pertanian.go.id



View My Stats