Analisis Molekuler dan Uji Daya Hasil Galur-galur BC2F8 Padi Pup1

Joko Prasetiyono, Tasliah Tasliah, Nurul Hidayatun, Tintin Suhartini, Ida H. Soemantri

Abstract


Perbaikan varietas padi untuk daerah yang memiliki masalah ketersediaan fosfor (P) sangat penting dilakukan. Lokus Pup1
sebagai lokus yang berisi gen-gen yang berperan dalam penangkapan P telah dipetakan dengan baik dan marka untuk seleksinya
telah dibuat. Berdasarkan penelitian sebelumnya, telah diperoleh galur BC2F8 persilangan Dodokan × Kasalath (DK),
Dodokan × NIL-C443 (DN), Situ Bagendit × Kasalath (SK), Situ Bagendit × NIL-C443 (SN), Batur × Kasalath (BK), dan Batur ×
NIL-C443 (BN). Penelitian ini bertujuan menganalisis galur-galur BC2F8 secara molekuler dan mengevaluasi potensi hasil galurgalur
tersebut pada kondisi lapang yang berbeda. Penelitian berlangsung mulai bulan November 2013 s.d. Juni 2014. Penelitian
molekuler dilakukan di BB Biogen, Indonesia dan IRRI, Filipina, sedangkan penelitian lapang dilakukan di KP Taman Bogo,
Lampung dan lahan petani di Sukabumi, Jawa Barat. Berdasarkan analisis molekuler, diperoleh hasil seluruh galur BC2F8
mengandung lokus Pup1, namun ada tiga galur (B5-SK5, B9-SN2, dan C9-BN2) yang mengandung lokus Pup1 dalam kondisi
heterozigot. Susunan genom sebagian besar galur Pup1 masih mengikuti susunan genom tetuanya, kecuali B7-SK7, C10-BN3,
dan C11-BN4. Galur B1-SK1, B2-SK2, B3-SK3, B4-SK4, B6-SK6, B9-SN2, C4-BK4, C7-BK7, dan C12-BN5 memiliki bobot ubinan
lebih banyak dibanding dengan tetua pemulihnya (Situ Bagendit atau Batur) pada kondisi P kurang atau cukup tersedia. Galur
B6-SK6 dan C12-BN5 memiliki bobot ubinan lebih banyak dibanding dengan tetua pemulihnya dan varietas cek (Inpago 7 atau
Inpago 8) pada kondisi P kurang tersedia. Galur-galur tersebut dapat digunakan untuk uji multilokasi.


Keywords


Padi; Pup1; analisis molekuler; potensi hasil

Full Text:

PDF

References


Chen, L., L. Lin, G. Cai, Y. Sun, T. Huang, K. Wang, and J.

Deng. 2014. Identification of nitrogen, phosphorus, and

potassium deficiencies in rice based on static scanning

technology and hierarchical identification method.

PLoS One 9(11):e113200. doi:10.1371/

journal.pone.0113200.

Chin, J.H., R. Gamuyao, C. Dalid, M. Bustamam, J.

Prasetiyono, S. Moeljopawiro, M. Wissuwa, and S.

Heuer. 2011. Developing rice with high yield under

phosphorus deficiency: Pup1 sequence to application.

Plant Physiol. 156:1202–1216.

Chin, J.H., X. Lu, S.M. Haefele, R. Gamuyao, A.M. Ismail,

M. Wissuwa, and S. Heuer. 2010. Development and

application of gene-based markers for the major rice

QTL phosphorus uptake 1. Theor. Appl. Genet.

:1073–1086.

Choudhury, D.R., N. Singh, A.K. Singh, S. Kumar, K,

Srinivasan, R.K. Tyagi, A. Ahmad, N.K. Singh, and R.

Singh. 2014. Analysis of genetic diversity and

population structure of rice germplasm from North-

Eastern region of India and development of a core

germplasm set. PLoS One 9(11):e113094. doi:10.

/journal.pone.0113094.

Dellaporta, S.L., J. Wood, and J.B. Hicks. 1983. A plant

DNA minipreparation: Version II. Plant. Mol. Biol. Rep.

(4):19–21.

Gamuyao, R., J.H. Chin, J.P. Tanaka, P. Pesaresi, S.

Catausan, C. Dalid, I.S. Loedin, E.M.T. Mendoza, M.

Wissuwa, and S. Heuer. 2012. The protein kinase

Pstol1 from traditional rice confers tolerance of

phosphorus deficiency. Nature 488. doi:10.1038/

nature11346.

Heuer, S., X. Lu, J.H. Chin, J.P. Tanaka, H. Kanamon, T.

Matsumoto, T.D. Leon, V.J. Ulat, A.M. Ismail, M. Yano,

and M. Wissuwa. 2009. Comparative sequence

analyses of the major quantitative trait locus

phosphorus uptake 1 (Pup1) reveal a complex genetic

structure. Plant Biotech. J. 7:456–471.

Jeong, I.S., U.H. Yoom, G.S. Lee, H.S. Ji, H.J. Lee, C.D.

Han, J.H. Hahn, G. An, and T.H. Kim. 2013. SNPbased

analysis of genetic diversity in anther-derived

rice by whole genome sequencing. Rice 6(6):1–12.

Nei, M., F. Tajima, and Y. Tateno. 1983. Accuracy of

estimated phylogenetic trees from molecular data. II.

Gene frequency data. J. Mol. Evol. 19(2):53–70.

Pariasca-Tanaka, J., J.H. Chin, K.N. Dramé, C. Dalid, S,

Heuer, and M. Wissuwa. 2014. A novel allele of the

P-starvation tolerance gene OsPSTOL1 from African

rice (Oryza glaberrima Steud) and its distribution in the

genus Oryza. Theor. Appl. Genet. 127:1387−1398.

doi:10.1007/s00122-014-2306-y.

Prasetiyono, J. 2011. Marka SNP: Marka molekuler masa

depan. Warta Biogen 7(2):9–12.

Prasetiyono, J., T. Suhartini, I.H. Soemantri, Tasliah, S.

Moeljopawiro, H. Aswidinnoor, D. Sopandie, dan M.

Bustamam. 2012. Evaluasi beberapa galur Pup1

tanaman padi (Oryza sativa L.) pada larutan hara dan

lapangan. J. Agron. Indonesia 40(2):83–90.

Singh, N., D.R. Choudhury, A.K. Singh, S. Kumar, K.

Srinivasan, R.K. Tyagi, N.K. Singh, and R. Singh.

Comparison of SSR and SNP markers in

estimation of genetic diversity and population structure

of Indian rice varieties. PLoS One 8(12):e84136.

doi:10.1371/journal.pone.0084136.

Tasliah, J. Prasetiyono, T. Suhartini, dan I.H. Soemantri.

Ketahanan galur-galur Pup1 terhadap penyakit

blas. J. Pen. Pert. Tan. Pangan 34(1):29–36.

Utami, D.W. dan I. Hanarida. 2014. Evaluasi lapang dan

identifikasi molekuler plasma nutfah padi terhadap

keracunan Fe. J. AgroBiogen 10(1):9–17.

Utami, D.W., I. Rosdianti, P. Lestari, D. Satyawan, H.

Rijzaani, and I.M. Tasma. 2013. Development and

application of 1536-plex single nucleotide

polymorphism marker chip for genome wide scanning

of Indonesian rice germplasm. Indones. J. Agric. Sci.

(2):71–78.

Wardoyo, S.H., Miftahudin, S. Moeljopawiro, dan J.

Prasetiyono. 2014. Konstitusi genetik dan karakter

fenotipik galur-galur padi Pup1 turunan varietas Situ

Bagendit. J. AgroBiogen 10(2):61–68.

Wissuwa, M., J.N. Wegner, N. Ae, and M. Yano. 2002.

Substitution mapping of Pup1: A major QTL increasing

phosphorus uptake of rice from a phosphorus-deficient

soil. Theor. Appl. Genet. 105:890–897.

Wissuwa, M., M. Yano, and N. Ae. 1998. Mapping of QTLs

for phosphorus-deficieny tolerance in rice (Oryza

sativa L.). Theor. Appl. Genet. 97:777−783.

Yuwono, N.W. 2009. Membangun kesuburan tanah di lahan

marginal. J. Ilmu Tanah dan Lingkungan 9(2):137−141




DOI: http://dx.doi.org/10.21082/jbio.v12n1.2016.p1-10

Refbacks

  • There are currently no refbacks.




Copyright (c) 2018 Jurnal AgroBiogen

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.

 Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.


 

         

P-ISSN : 1907-1094
E-ISSN : 2549-1547


Jurnal AgroBiogen

Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Jl. Tentara Pelajar 3A, Bogor 16111
Jawa Barat, Indonesia
Telp.: (0251) 8339793, 8337975
Faks.: (0251) 8338820
E-mail: jurnal.agrobiogen@gmail.com
Situs: http://biogen.litbang.pertanian.go.id



View My Stats