Kekerabatan Beberapa Aksesi Padi Lokal Tahan Hama Penyakit Berdasarkan Analisis Polimorfisme Marka SSR

Wage R. Rohaeni, Untung Susanto, Nani Yunani, N. Usyati, nFN Satoto

Abstract


AbstractThe level of phylogeny among local rice that has identified the resistances to plant pests and diseases needs to be studied to determine the genetic distance, so that information can be used for a recommendation parental crosses. Simple sequence repeat (SSR) markers could be used as one tool to know the degree of phylogeny and the genetic distance between genotypes. The aim of this study was to determine phylogenetic tree and the coefficient of genetic distance of several local rice resistant to host and pest based polymorphic analysis of SSR markers. Fifteen host and pest resistant local rice and one popular variety (Ciherang) were used. Molecular analysis was carried out using eighteen SSR markers. The banding patterns of DNA amplification resulted from PCR on polyacrylamide electrophoresis gel was documented by using UV Transilluminator. The phylogenetic tree showed three clearly separated clusters. Cluster 1 consisted of indica accessions resistant to blast and BLB: Gadis Langsat, Kebo, Bandang Si Gadis, Ciherang, Jawa Wangi Sleman, Marahmay, Takong, Ampek Panjang, Benoraja, and Siawak. Cluster 2 consisted of javanica and indica accessions resistant to BPH, tungro, blast, and BLB: Ase Balucung, Ase Bukne, Pare Lottong, Pare Pulu, and Jadul. Cluster 3 consisted of japonica accession resistant to blast: Kapas. The farthest genetic distance was between Pare Pulu and Ampek Panjang (DA = 0.816). The closest genetic distance was between Pare Pulu dan Pare Lottong (DA = 0.098). This research data can be used as a reference in determining the crossing parents that will be used in plant breeding program for varieties improvement of Indonesian local rice. AbstrakTingkat kekerabatan antarpadi lokal dengan keunggulan tahan terhadap hama dan penyakit tanaman (HPT) perlu dipelajari untuk mengetahui seberapa jauh kekerabatannya, sehingga informasi yang diperoleh dapat digunakan untuk kebutuhan pemilihan tetua persilangan. Marka simple sequence repeat (SSR) dapat dijadikan salah satu alat bantu untuk mengetahui tingkat kekerabatan antargenotipe. Penelitian ini bertujuan mengetahui tingkat kekerabatan dan jarak genetik beberapa aksesi padi lokal unggul tahan HPT berdasarkan analisis polimorfisme marka SSR. Materi genetik yang digunakan adalah lima belas padi lokal tahan HPT dan varietas Ciherang. Analisis molekuler dilakukan menggunakan delapan belas marka SSR. Pola pita DNA hasil amplifikasi PCR pada elektroforesis gel poliakrilamida didokumentasi dengan visualisasi gel doc/UV transilluminator. Pohon kekerabatan menunjukkan tiga klaster yang terpisah jelas. Klaster 1 terdiri atas aksesi-aksesi subspesies indica tahan blas dan HDB, yaitu Gadis Langsat, Kebo, Bandang Si Gadis, Ciherang, Jawa Wangi Sleman, Marahmay, Takong, Ampek Panjang, Benoraja, dan Siawak. Klaster 2 terdiri atas aksesi-aksesi subspesies javanica dan japonica tahan WBC, tungro, blas, dan HDB, yaitu Ase Balucung, Ase Bukne, Pare Lottong, Pare Pulu, dan Jadul. Klaster 3 berisi aksesi subspesies japonica tahan blas, yaitu Kapas. Kekerabatan paling jauh dimiliki antara Pare Pulu dan Ampek Panjang dengan koefisien jarak genetik 0,816. Kekerabatan paling dekat dimiliki antara Pare Pulu dan Pare Lottong dengan jarak genetik 0,139. Data yang diperoleh dalam penelitian ini dapat digunakan sebagai referensi dalam penentuan tetua yang akan digunakan dalam program pemuliaan tanaman untuk perbaikan varietas padi lokal Indonesia.

Keywords


Genetic distance; local rice; kinship; SSR markers.

Full Text:

PDF


DOI: http://dx.doi.org/10.21082/jbio.v12n2.2016.p81-90

Refbacks

  • There are currently no refbacks.




Copyright (c) 2017 Jurnal AgroBiogen

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.

 Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.


         


P-ISSN : 1907-1094
E-ISSN : 2549-1547

Akreditasi Nomor: 614/AU3/P2MI-LIPI/03/2015


Jurnal AgroBiogen

Jalan Tentara Pelajar 3A, Bogor 16111
Jawa Barat, Indonesia
Telepon: (0251) 8339793, 8337975
Fax: (0251) 8338820
E-mail: jurnal.agrobiogen@gmail.com
Website: http://biogen.litbang.pertanian.go.id



View My Stats