Keragaman Jumlah Salinan Transgen Galur T0 Padi Kultivar Nipponbare Berdasarkan Analisis qPCR dengan Penanda Gen hptII

Aqwin Polosoro, Wening Enggarini

Abstract


AbstractThe development of transgenic crop using Agrobacterium tumefaciens produces different inserted transgenes, whether copy numbers or location in the plant genome. The research was performed to detect chimeric phenomena based on the transgene quantity analysis in tillers of a clump and of some clumps which were derived from the same calli. CsNitr1–L gene and hptII gene as a marker on a binary plasmid pCAMBIA1300 was transformed into the Nipponbare rice genome using A. tumefaciens strain LBA 4404. Molecular analysis was carried out on three tillers of each four clumps of Nipponbare transgenic T0 generation (events number 1, 2, 3, and 4) and four groups of T0 clump derived from one callus. Three T0 clump samples were collected from each of the four groups of T0 clumps. The results of qPCR analysis showed that the transgene copy numbers of tillers which were derived from one T0 clump were the same. qPCR analysis also discovered that not all plants from one callus demonstrated the same transgene copy numbers. This implies that each T0 rice clump which grows from the transformed calli was needed to be split in the acclimatization step so that the uniform T1 seeds would be obtained. AbstrakPerakitan tanaman transgenik dengan bantuan Agrobacterium tumefaciens menghasilkan penyisipan transgen yang berbeda, baik dalam jumlah salinan maupun letak transgen dalam genom tanaman. Penelitian ini bertujuan mendeteksi keberadaan kimera berdasarkan analisis jumlah salinan transgen pada tiap anakan dalam satu rumpun dan beberapa rumpun padi Nipponbare transforman T0 yang berasal dari kalus yang sama. Gen CsNitr1–L dan hptII sebagai penanda pada plasmid biner pCAMBIA1300 ditranformasikan ke dalam genom tanaman padi kultivar Nipponbare dengan bantuan A. tumefaciens strain LBA 4404. Analisis molekuler dilakukan terhadap tiga anakan masing-masing dari empat rumpun tanaman Nipponbare transgenik generasi T0 (event 1, 2, 3, dan 4) dan empat kelompok rumpun tanaman T0 yang berasal dari kalus yang sama. Dari setiap kelompok tersebut diambil tiga rumpun T0. Hasil analisis qPCR menunjukkan bahwa anakan yang berasal dari rumpun tanaman T0 yang sama memiliki jumlah salinan transgen yang seragam. Selain itu, hasil analisis qPCR juga menunjukkan bahwa tidak semua tanaman yang berasal dari kalus yang sama memiliki jumlah salinan transgen yang seragam. Implikasi hasil penelitian ini adalah setiap rumpun padi T0 yang tumbuh dari kalus hasil transformasi perlu dipisahkan saat aklimatisasi agar benih T1 yang dihasilkan seragam.

Keywords


Copy number; qPCR; Agrobacterium tumefaciens; Nipponbare.

Full Text:

PDF


DOI: http://dx.doi.org/10.21082/jbio.v12n2.2016.p73-80

Refbacks

  • There are currently no refbacks.




Copyright (c) 2017 Jurnal AgroBiogen

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.

 Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.


         


P-ISSN : 1907-1094
E-ISSN : 2549-1547

Akreditasi Nomor: 614/AU3/P2MI-LIPI/03/2015


Jurnal AgroBiogen

Jalan Tentara Pelajar 3A, Bogor 16111
Jawa Barat, Indonesia
Telepon: (0251) 8339793, 8337975
Fax: (0251) 8338820
E-mail: jurnal.agrobiogen@gmail.com
Website: http://biogen.litbang.pertanian.go.id



View My Stats