DETEKSI Piper yellow mottle virus (PYMoV) PENYEBAB PENYAKIT KERDIL PADA TANAMAN LADA SECARA Polymerase Chain Reaction (PCR)

NFN Miftakhurohmah, Maya Mariana, Dono Wahyuno

Abstract


Penyakit kerdil yang disebabkan oleh Piper yellow mottle virus (PYMoV) dan Cucumber mosaic virus (CMV) merupakan salah satu penyakit penting pada tanaman lada di Indonesia. Keberadaan PYMoV tidak mudah dikenal karena di lapang infeksi kedua virus dapat terjadi pada satu tanaman. Deteksi PYMoV pada sampel tanaman lebih akurat perlu dicari dan teknik molekuler dianggap paling sesuai untuk saat ini. Tujuan penelitian ini adalah mendeteksi PYMoV pada tanaman lada secara polymerase chain reaction (PCR) menggunakan pasangan primer spesifik PYMoV-F dan PYMoV-R. Isolasi total DNA tanaman lada dilakukan menggunakan ATP genomic DNA mini kit. Deteksi PYMoV secara molekuler dilakukan dengan teknik PCR menggunakan pasangan primer spesifik PYMo-F dan PYMoV-R. Untuk mengecek spesifitas primer yang digunakan, dilakukan perunutan nukleotida pada produk PCR yang dihasilkan. Runutan nukleotida yang diperoleh selanjutnya dianalisis dengan program BioEdit Sequence Alignment Editor, Complementor, Translate dan BLAST. DNA total hasil isolasi memiliki kualitas yang baik terlihat dari terbentuknya pita DNA yang utuh pada gel elektroforesis. Teknik PCR yang dilakukan berhasil mendapatkan pita DNA berukuran sekitar 450 pb (pasang basa) sesuai dengan prediksi dari desain primer. DNA yang didapatkan memiliki runutan nukleotida sebanyak 450 nukleotida yang ditranslasikan menjadi 148 asam amino. Hasil analisis BLAST runutan nukleotida menunjukkan bahwa isolat yang terdeteksi merupakan PYMoV yang memiliki kemiripan runutan nukleotida sebesar 92% dengan PYMoV asal Vietnam. Primer PYMoV-F dan PYMoV-R dapat digunakan untuk mendeteksi PYMoV pada tanaman lada.


Keywords


Deteksi virus; lada; PCR; PYMoV

Full Text:

PDF

References


Balfas R, I Lakani, Samsudin dan Sukamto. 2007. Penularan Penyakit Kerdil pada Tanaman Lada oleh Tiga Jenis Serangga Vektor. Jurnal Littri 13(4): 136-141.

Bhadramurthy V, S Retheesh, AI Bhat, R Madhubala, PS Hareesh and RP Pant. 2005. Development of ELISA-based Technique for Detection of a Putative Badnavirus Infecting Black Pepper (Piper nigrum L.). Indian Phytopath 58(3): 314-318.

Bhat AI, S Devasahayam, YR Sarma and RP Pant. 2003. Association of a Badnavirus in Black Pepper (Piper nigrum L.) Transmitted by Mealybug (Ferrisia virgata) in India. Current Science 84(12): 1547-1550.

Bhat AI and S Siju. 2007. Development of Single-tube Multiplex RT-PCR for the Simultaneous Detection of Cucumber mosaic virus and Piper yellow mottle virus Associated With Stunt isease of Black Pepper. Current Science 93(7): 973-976.

Bhat AI. 2012. Characterization and Management of Piper yellow mottle virus. In : Recent Trends in Plant Virology. Studium Press LLC. 502 p.

Daras U, BE Tjahyana dan Herwan. 2012. Status Hara Tanaman Lada Bangka Belitung. Buletin Riset Tanaman Rempah dan Industri 3(1): 23-32.

Ditjenbun [Direktorat Jenderal Perkebunan]. 2014. Statistik Perkebunan Indonesia 2013-2015. Lada. Direktorat Jenderal Perkebunan. Jakarta, Desember 2014. 38 hlm.

de Silva DPP, P Jones and MW Shaw. 2002. Identification and Transmission of Piper yellow mottle virus and Cucumber mosaic virus Infecting Black Pepper (Piper nigrum) in Sri Lanka. Plant Pathology 51: 537-545.

Duarte MLR, PC Filho and MSF Dantas. 2002. Pest and Diseases of Black Pepper in Brazil. International Pepper News Bulletin. The Journal for the Pepper Industry. July-December 2002. 24-34.

Eng L, J Jadol, CA Ong and P Jones. 1999. The Application of Molecular Techniques in the Diagnosis of Black Pepper (Piper nigrum L.) Viruses in Sarawak. 5th International Conference on Plant Protection in the Tropics. Kuala Lumpur, 15-18 March 1999. pp. 35-38.

Eng L. 2002. Viral Disease and Root-knot Nematode Problems of Black Pepper (Piper nigrum L.) in Sarawak, Malaysia. International Pepper News Bulletin. The Journal for the Pepper Industry. July-December 2002. 39-45.

Firdausil AB. 1989. Penyakit Kerdil Lada dan Permasalahannya. Prosiding Seminar Penelitian Tanaman Rempah dan Obat. Natar 1988/1989. Hlm. 111-116.

Harni R dan W Amaria. 2012. Potensi Bakteri Kitinolitik untuk Pengendalian Penyakit Busuk Pangkal Batang Lada (Phytophthora capsici). Buletin Riset Tanaman Rempah dan Industri 3(1): 7-12.

Hartati SY, R Balfas, R Noveriza, G Suastika dan I Lakani. 2005. Identification of Piper yellow mottle virus and Cucumber mosaic virus from Piper spp. Proceeding of the 1st International Conference on Crop Security 2005 (ICCs 2005). Malang, September 20th-22nd, 2005. 314-319.

Lakani I. 2006. Deteksi dan Identifikasi Penyebab Penyakit Belang (Mottle) pada Tanaman Lada (Piper nigrum L.) di Indonesia. Tesis. Institut Pertanian Bogor. 47 hlm.

Oliveira ACS, AJ Boari, CM de Sousa, KFC Pantoja and CA Souza. 2010. Detection of Piper yellow mottle virus on black pepper (Piper nigrum) in the States of Minas Gerais, Espirito Santo and Amazonas, Brazil. Abstrak : Horticultura Brasileira 28: S952-S956.

Prayitno E and E Nuryandani. 2011. Optimization of DNA Extraction of Physic Nut (Jatropha curcas) by Selecting the Appropriate Leaf. Bioscience 3(1): 1-6.

Pusdatin. 2013. Ekspor, Impor dan Neraca Perdagangan Sub Sektor Perkebunan. Buletin Bulanan Indikator Makro Sektor Pertanian 7(12): 12-14.

Pusdatin. 2015. Ekspor, Impor dan Neraca Perdagangan Sub Sektor Perkebunan. Buletin Bulanan Indikator Makro Sektor Pertanian 9(2): 13-15.

Saefudin. 2014. Tantangan dan Kesiapan Teknologi Penyediaan Bahan Tanam Mendukung Peningkatan Produktivitas Nasional Tanaman Lada (Piper nigrum L.). Perspektif 13(2): 111-125.

Sarma YR, G Kiranmai, P Sreenivasulu, M Anandaraj, M Herma, M Venkatramana, AK Murthy and DVR Reddy. 2001. Partial Characterization and Identification of a Virus Associated With Stunt Disease of Black Pepper (Piper nigrum) in South India. Current Science 80(3): 459-462.

Sitepu D dan K Kasim. 1976. Penyakit-penyakit Lada (Piper nigrum L.) di Sub Stasiun LPTI Natar, Lampung Selatan. Pembr. LPTI (22): 72-82.

Syafaruddin dan TJ Santoso. 2011. Optimasi Teknik Isolasi dan Purifikasi DNA yang Efisien dan Efektif pada Kemiri Sunan (Reutalis trisperma (Blanco) Airy Shaw). Jurnal Littri 17(1): 11-17.

Vogelstein B and D Gillespie. 1979. Preparative and Analytical Purification of DNA from Agarose. Proc. Natl. Acad. Sci. 76(2): 615-619.




DOI: http://dx.doi.org/10.21082/bullittro.v27n1.2016.77-83

Refbacks

  • There are currently no refbacks.




Copyright (c) 2016 Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.



View My Stats

Creative Commons License
Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
Based on a work at http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/bultro

Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat (BUL LITTRO) Editorial Office :

Indonesian Spices and Medicinal Crops Research Institute (ISMCRI)
Jl. Tentara Pelajar No. 3 Bogor, Indonesia 16111
Telp. (0251) 8321879, Fax. (0251) 8327010
E mail : buletintro@gmail.com
Website : http://balittro.litbang.pertanian.go.id