IDENTIFIKASI MARKA RGA (RESISTANCE GENE ANALOG) UNTUK SIFAT KETAHANAN BUSUK PANGKAL BATANG PADA PLASMA NUTFAH LADA (Piper nigrum)

Sri Koerniati, Dwinita W. Utami

Abstract


Metoda seleksi bahan tanaman lada (Piper nigrum) tahan penyakit busuk pangkal batang (BPB) secara cepat sangat diperlukan oleh pemulia tanaman lada. Motif Nucleotide Binding Site (NBS) P-loop, kinase2, GLPL, MDHV, dan Leucine-rich repeat (LRR) dari gen ketahanan pada Arabidopsis bersifat conserved dan telah digunakan untuk mengidentifikasi Resistance Gene Analog (RGA) pada spesies lain. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi marka RGA untuk membedakan tanaman tahan dan tidak tahan terhadap penyakit BPB. Penelitian dilakukan di laboratorium biologi molekuler, BB BIOGEN, Bogor, menggunakan tanaman F1 dan varietas lada (induk) dan 12 primer RGA yang didisain untuk mengamplifikasi motif NBS dan LRR. Hasil penelitian menunjukkan RGA lada dikelompokkan ke dalam grup Toll/Interleukin-1 Receptor homology (TNL). Diindikasikan sifat tahan terhadap BPB timbul ketika fragmen RGA NBS-MDHV diamplifikasi dengan primer RGA8 atau fragmen LRR yang diamplifikasi dengan primer RGA7 berasal dari kedua tetua, berada pada tanaman F1. Fenomena ini ditunjukkan oleh F1 24-2, F1 13-6 dan F1 N2BK-1. F1 24-2, F1 13-6 dan tetua betina varietas LDL memiliki dua fragmen LRR, sedangkan tetua jantan P. hirsutum memiliki pola fragmen LRR dan NBS-MDHV yang berbeda, baik jumlah dan atau posisinya, dibandingkan dengan tiga tersebut. Fenomena ini lebih jelas pada F1 N2BK-1 yang memiliki dua fragmen LRR, tebal dan tidak tebal, indikasi berasal dari kedua tetuanya, Natar2 (memiliki dua fragmen LRR yang tebal) dan Besar Kota Bumi (memiliki dua fragmen LRR yang kurang tebal). Primer RGA7 dan RGA8 bisa dijadikan kandidat marka genetik RGA untuk membedakan lada tahan dan tidak tahan terhadap penyakit BPB, dan hasil ini perlu dikonfirmasi pada tanaman F2.

 


Keywords


Piper nigrum; gen ketahanan; busuk pangkal batang; marka molekuler; RGA

Full Text:

PDF

References


Anandaraj M. 2000. Disease of Black pepper. In: Ravindran P.N. (Ed.) Black pepper Piper nigrum. Harwood Academic Publishers, The Netherlands. Pp. 239-267.

Balittro. 1997. Konsep Pengendalian Hama Terpadu Tanaman Lada di Indonesia dan Aplikasinya. (tidak diterbitkan).

Bayu Aji Nugroho. 2011. Musim hujan datang, Busuk pangkal batang mengancam. http://www. ditjenbun.deptan.go.id/bbp2tpsur/.

Chen GY, YM Wei , YX Liu, L Wei, JR Wang and YL Zheng. 2010. Identification of Resistance gene analoque (RGA) and development of E chromosome-specifec RGA markers in wheat Lophopyrum elongatum addition lines. Crop and Pasture Science 61(11): 929-937.

Delaporta SL, J Wood and JL Hicks. 1983. Plant Molecular Biology Reporter. 1: 19-21.

Gerard C van der Linden, Doret CAE, Wouters VM, Elena ZK, Smulders MJM and B Vosman. 2004. Efficient tragetting of Plant disease resistance lociusing NBS profiling. Theor. Appl. Genet 109: 384-393.

Hammond-Kosack KE and JDG Jones, 1997. Plant disease resistance genes. Annu. Rev. Plant. Biol. 48: 575-607.

Manohara D dan N Sato. 1992. Morphological and physiological observation on Phytophthora isolates from black pepper. Industrial Crops res. J. 4: 14-19.

Mutlu N, Miklas PN and DP Coyne. 2006. Resistance gene analog polymorphism (RGAP) markers co- localize with disease resistance genes and QTL in common bean. Molecular Breeding (17): 127-135.

Pan Q, Wendel J, and Fluhr R. 2000. Divergent evolution of plant NBS-LRR resistance gene homologue in dicot and cereal genomes.

J.Mol.Evol. 50: 203-213.

Razan S. 2013. Perkembangan Komoditi Ekspor lada dan pengaruhnya pada peningkatan devisa.www.scribd.com/149631517/1111084000046.

Vossen JH, S Dezhsetan, D Esselink, M Arens, MJ Sanz, W Verweij, E Verzaux and CG van der Linden.2013. Novel application of motif-directed profiling to identify disease resistant genes in plants. Plant Methods. 9: 37.

Wahyuno D, D Manohara dan RT Setiyono. 2009. Ketahanan beberapa lada hasil persilangan terhadap Phytophthora capsici asal lada. J. Littri. 15: 77-83.

Wahyuno D, D Manohara dan RT Setiyono. 2010a. Virulensi Phytophthora capsici asal lada terhadap Piper spp. Bul. Plasma Nutfah 16 :140-149.

Wahyuno D, D Manohara, SD Ningsih dan RT Setijono. 2010b. Pengembangan varietas unggul lada tahan penyakit busuk pangkal batang yang disebabkan oleh Phytophthora capsici. J. Litbang Pertanian. 29: 86-95.




DOI: http://dx.doi.org/10.21082/bullittro.v24n2.2013.%25p

Refbacks

  • There are currently no refbacks.




Copyright (c)



View My Stats

Creative Commons License
Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
Based on a work at http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/bultro

Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat (BUL LITTRO) Editorial Office :

Indonesian Spices and Medicinal Crops Research Institute (ISMCRI)
Jl. Tentara Pelajar No. 3 Bogor, Indonesia 16111
Telp. (0251) 8321879, Fax. (0251) 8327010
E mail : buletintro@gmail.com
Website : http://balittro.litbang.pertanian.go.id